Las comunidades indígenas que habitan la región, que son las legítimas dueñas de la mayor parte del territorio, realizan desde tiempos inmemoriales un manejo de la selva mediante sistemas tradicionales de producción como el caso de la Milpa Maya, un sistema que incluye prácticas de cultivo y descanso de la tierra, propuesto a ser reconocido por la FAO como un Sistema Importante del Patrimonio Agrícola Mundial (SIPAM). Este manejo productivo de la selva no resulta en un cambio de uso de suelo, por el contrario, la selva es fundamental para su reproducción, por lo que el paisaje y la cubierta de la vegetación se mantiene a través del tiempo. En contraste con el sistema de producción basado en la Milpa Maya, en los últimos 20 años, ha avanzado notablemente la agroindustria, sobretodo el cultivo de la caña de azúcar, la soya, el limón, la papaya, la piña y la sandía. El análisis de los datos que publica el Sistema de Información Agropecuaria (SIAP) referente al valor de la producción son un indicador importante que evidencia el avance de los cultivos agroindustriales y especies forrajeras muchas veces a costa de la selva, tales como el maíz, sorgo, soya y la caña, como se aprecia en la siguiente gráfica.